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產(chǎn)品與服務(wù)
PRODUCTS & SERVICE

二代宏基因組

  • 產(chǎn)品簡(jiǎn)介
  • 樣本要求
  • FAQ

宏基因組是利用高通量測(cè)序技術(shù)以特定環(huán)境下微生物群體基因組為研究對(duì)象,在分析微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系的基礎(chǔ)上,進(jìn)一步探究微生物群體功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系,發(fā)掘潛在的生物學(xué)意義。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)
  • 項(xiàng)目周期
    建庫(kù)測(cè)序快速周期僅需10天,保證交付成果
  • 提取經(jīng)驗(yàn)
    擁有土壤、糞便、腸道內(nèi)容物、濾膜等各類環(huán)境樣本的提取經(jīng)驗(yàn)
  • 分析內(nèi)容
    基因組組裝與分箱,進(jìn)行種屬鑒定以及多樣性分析等多項(xiàng)分析內(nèi)容
   

核酸樣本


產(chǎn)品類型文庫(kù)類型核酸樣本送樣要求
二代宏基因組測(cè)序350 bp小片段文庫(kù)樣本類型:無(wú)蛋白和RNA污染的樣品
樣品需求量:≥200 ng
樣品濃度:≥5 ng/μL
樣品純度:OD260/280=1.6~2.2
OD260/230=0.8~2.2


環(huán)境樣本


環(huán)境樣品種類送樣量備注
土壤類
普通土壤5-10 g/管建議每個(gè)樣本取3~5管以上備份
根際土壤
淤泥/污泥
糞便類
大型動(dòng)物糞便100-200 mg/管
小型動(dòng)物顆粒糞便小鼠 ≥ 5 粒,大鼠 ≥ 3 粒
腸道內(nèi)容物500mg/管 建議每個(gè)樣本取4-5管以上
濾膜類水體濾膜過(guò)濾5-10 L
拭子類拭子類2-3個(gè)拭子棉簽頭/管
唾液類唾液類2-5 mL

         
  • Q:為何基于組裝后的物種分Bin和物種注釋,種類和數(shù)量會(huì)與基于reads直接注釋的結(jié)果有差異?
    A:
    基于reads直接注釋,是考慮reads和數(shù)據(jù)庫(kù)物種基因組比對(duì)的相似性和比對(duì)到的數(shù)量,相對(duì)較準(zhǔn),但會(huì)受到數(shù)據(jù)庫(kù)豐度和數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)物種的相似性影響。而基于組裝后結(jié)果分Bin再注釋,限于原始樣品的物種豐度,組裝軟件的準(zhǔn)確性等,組裝較好且較完整的bin或物種注釋的效果更好。一般組裝獲得的物種較少。

  • Q:基于組裝后的結(jié)果分Bin的作用?
    A:
    分Bin相當(dāng)于把樣品中混合組裝的微生物,按物種進(jìn)行區(qū)分,最終獲得單個(gè)物種的組裝結(jié)果,通常組裝質(zhì)量較好的物種,會(huì)被保留,后續(xù)如果深入研究這些物種,也可以用分Bin后的結(jié)果當(dāng)成參考基因組,進(jìn)行各種有參分析。
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